Таким образом суд удовлетворил жалобу защитников фигурантов. Надзорное производство по жалобе было возбуждено в начале апреля. Верховный суд отменил сразу несколько постановлений низших инстанций: Хамовнического суда, кассационной коллегии Мосгорсуда и президиума Мосгорсуда. Незаконным было принято содержание Ходорковского и Лебедева под стражей в период с 17 августа до 17 ноября 2010 года. Фактически Верховный суд РФ подтвердил доводы адвокатов фигурантов дела ЮКОСа о том, что, согласно действующему законодательству, оснований продлевать им арест не было.
В апреле 2010 года президент Дмитрий Медведев принял поправки, согласно которым запрещено арестовывать бизнесменов, проходящих по экономическим преступлениями. На этот факт указывала защита фигурантов по делу ЮКОСа, а также сам Михаил Ходорковский. В мае после очередного продления срока ареста он даже объявлял голодовку и обращался с письмом к председателю Верховного суда РФ Вячеславу Лебедеву.
В документе экс-глава ЮКОС подчеркивал, что Хамовнический суд "открыто проигнорировал изменения, недавно внесенные в ст. 108 УПК РФ". В итоге, тем не менее, Мосгорсуд признал законным продление ареста 16 августа 2010 Хамовнический суд Москвы снова продлил срок ареста фигурантам дела ЮКОСа. По вынесенному тогда постановлению обвиняемые должны были пробыть под стражей до 17 ноября. 2 ноября суд удалился для вынесения приговора, и необходимость в дальнейшем продлении срока ареста отпала.
Адвокаты фигурантов указали в жалобе, что этой необходимости не было с самого начала второго процесса, так как их клиенты отбывали срок по первому приговору. Районный суд своим постановлением удовлетворил ходатайство прокуратуры, это решение было подтверждено в кассации и вступило в силу. Адвокаты пожаловались в надзорную инстанцию - президиум городского суда, который также признал продление ареста законным. Защита Ходорковского и Лебедева в результате обратилась в высшую судебную инстанцию страны - Верховный суд. Адвокаты фигурантов дела назвали решение суда нелегитимным, поскольку вступившие в силу поправки в УПК, которые предложил президент, ограничили избрание ареста для тех, кто обвиняется в совершении преступлений в сфере предпринимательской деятельности. Защитники обращали внимание, что в избрании ареста как меры пресечения не было необходимости, поскольку фигуранты еще не отбыли первый срок.
Адвокат Ходорковского: "Мы даем судебной системе шанс чуть-чуть поправить грим". По закону Ходорковский и Лебедев не были бы освобождены, даже если бы им не продлили срок содержания под стражей. Однако в этом случае подсудимым должны были облегчить условия содержания, поскольку приговорены они были к заключению общего режима, а СИЗО - это тюремный режим.